XML パーサへの API は SAX と DOM が代表的である．
- SAX … XML 文書を1行ずつ順番に読み出す．メモリをあまり必要としない．ランダムアクセスに向かない．
- DOM … XML 文書を1つの木構造に変換する．メモリがたくさん必要．ランダムアクセスに向く．
Xalan が提供する XPath の機能は DOM によるものらしく，UniProt の XMLファイル (1GB 弱) を扱おうとすると，OutOfMemoryError で強制終了する．
JavaVM の最大ヒープサイズ (-Xmx オプション) を 1.5GB くらいに設定してもまだ落ちる．
もうだめぽ．
